במערכת קירור נוזלי, המשאבה מניעה נוזל דרך רכיבים הקולטים חום ודרך מחליף חום המפנה אותו. בקירור ישיר למעבד, הנוזל זורם דרך לוחיות קירור — Cold Plates — המותקנות על המעבדים. המשאבה נדרשת להתגבר על הפסדי הלחץ בלוחיות, בצנרת, במחברים ובשאר רכיבי המעגל, ולספק את הספיקה הדרושה לפינוי החום.
חשוב להבחין בין שני תפקידים: משאבת סחרור פועלת במהלך עבודת מערכת הקירור; משאבת מילוי והעברה משמשת להכנסת נוזל, להשלמתו ולפעולות תחזוקה. לכל תפקיד דרישות שונות, וההתאמה נעשית לפי נתוני הדגם והמערכת.